He tenido que cambiar de servidor la Autoridad Certificadora del dominio Windows 2003 del trabajo. Hay que seguir lo que dice el KB298138. En resumen, es esto lo que hay que hacer:

1. Backup de la autoridad certificadora desde su mmc.
2. Backup de la clave del registro HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\CertSrv\Configuration
3. Eliminar la Autoridad Certificadora del dominio (agregar o quitar).
4. Apagar el equipo.
5. Resetear la cuenta del equipo en el AD (no eliminar la cuenta, solo resetearla)
6. Meter el srv nuevo en el dominio con el nombre del viejo.
7. Agregar la Autoridad Certificadora
8. Restaurar el Backup
9. Para el servicio de Autoridad Certificadora.
10. Agregar la clave del registro
11. Reiniciar el servidor.
12. Comprobar el visor de sucesos.
13. Reiniciar todos los DCs y comprobar los visores de todos.

A mí la verdad que me ha funcionado sin problemas, y a la primera. Un saludo y mucha seguridad.